L'elevata specializzazione ed il costante aggiornamento degli operatori termali delle Terme di Santa Agnese, con a disposizione le più moderne attrezzature per la riabilitazione motoria e funzionale, fanno del reparto di fisiochinesiterapia, che lavora in stretto contatto con il Day Hospital riabilitativo dell'Ospedale "P. Angioloni" di San Piero in Bagno (gestito dalle Terme di Santa Agnese) uno dei punti di eccellenza dell'intera struttura.
Sia alle Terme di Santa Agnese sia presso il Day Hospital riabilitativo si eseguono le seguenti terapie: Laser Terapia, Ultrasuoni, Ultravioletti, Radar Terapia, Magnetoterapia, Idrogalvanoterapia, Paraffinoterapia, Marconiterapia, Elettrostimolazioni, Diadinamica, Ionoforesi, Faradica, Galvanica, Tens.
Oltre a queste terapie, nelle moderne e attrezzate palestre si operano programmi di rieducazione funzionale neuromotoria e per segmento corporeo, oltre alla ginnastica collettiva e di gruppo, la back school, per la prevenzioni delle cervicalgie e lombalgie, e Economia articolare per il malato reumatico.